سموم کشاورزی در ایران به صورت گسترده و کنترل نشده‌ای مورد استفاده قرار می‌گیرد. در واقع این سموم با این که توصیه‌های در خصوص استفاده و کنترل آن توسط فروشندگان وجود دارد اما این نهاد کنترلی، در هیچ زمینه‌ای نتوانسته موفق عمل کند. این عدم کنترل چند تاثیر نامطلوب دارد. اولین تاثیر آن مربوط به محصولات کشاورزی است که کارشناس رسمی دادگستری رشته کشاورزی و منابع طبیعی در خصوص آن اظهار نظر می‌کند. و تاثیرات دیگر آن را باید در آلودگی محیط زیست دید که در چند بخش آن را مورد بررسی قرار می‌دهیم.
اولین نوع آلودگی حاصل از سموم کشاورزی آلودگی آب‌هاست. سمپاشی بی رویه، دور ریختن ظروف سموم در آب‌ها، ریخت سم درون چاه آب و یا مجاورت آن با آب‌های جاری باعث آلودگی آب می‌شود. جریانات آب زیر زمینی جریانات متصلی هستند که قابلیت انتقال آلودگی را دارند. به همین دلیل می‌تواند به چاه‌های نزدیک و یا حتی آب‌های جاری مجاور تاثیر منفی داشته باشد. این تاثیرات در قالب مسمومیت انسان‌ها، از بین رفتن گیاهان، بهره‌دهی کمتر کشاورزی و مواردی از این قبیل نمود پیدا کند. ارزیابی خسارت وارده بر محیط زیست در اینجا معمولا با آزمایش آب‌ها و یا خساراتی که به آبزیان و جانوران وارد شده است تعیین می‌شود.
کارشناس رسمی دادگستری حفاظت محیط زیست با مواردی چون از بی رفتن گونه‌های جانوری هم روبروست. گونه‌های جانوری به دلیل تغذیه از آب‌ها و حتی از محصولات در زمین‌ها و دشت‌ها همواره در معرض خطر برای مسموم شدن و از بین رفتن هستند. به همین دلیل در مکان‌هایی که نزدیکی بیشتری با مناطق دارای گونه‌های جانوری دارد این استفاده از سموم کشاورزی باید با احتیاط بیشتری صورت بگیرد در غیر این صورت محیط زیست با خطراتی روبرو خواهد شد.
تاثیر سموم کشاورزی بر محیط زیست همواره به صورت ملموس مشخص می‌شود. یکی از مواردی که تاثیر شدید و سریعی بر محیط زیست دارد استفاده از سموم دفع حشرات و آفات نباتی است. برای مثال سم پاراگوات با قدرت تاثیر گذاری فوری می‌تواند محلی سمپاشی شده را برای مدت طولانی نابارور نماید و یا سمومی چون کنفیدور می‌تواند دستگاه گوارشی موجودات زنده اعم از انسان‌ها را به دشت به خطر بیاندازد و خطرات کوتاه مدت و بلند مدتی را ایجاد نماید.
